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细胞凋亡的过程大致可分为以下几个阶段： 接受凋亡信号→凋亡调控分子间的相互作用→蛋白水解酶的活(Caspase)→进入连续反应过程。 由于细胞凋亡启动阶段的不同，其可分为三条主要通路，即线粒体通路、死亡受体通路、内质网通路。
线粒体通路：通过线粒体释放凋亡酶激活因子激活 Caspase。线粒体是细胞生命活动控制中心，它不仅是细胞呼吸链和氧化磷酸化的中心，而且是细胞凋亡调控中心。此通路由含BH3 结构域的Bcl-2 家族成员(Bid、 Bad、 Bim、 Harikari 、Noxa等)与另外的结合在线粒体外膜面或存在于胞浆的Bcl-2家族成员(Bax亚家族成员Bax，Bak 等) 相互用，导致后者的寡聚并插入线粒体膜，从而引起线粒体膜通透性改变，跨膜电位丢失，释放细胞色素 C (Cytc)和其他蛋白。Cytc 的释放是线粒体凋亡路径的关键步骤。 释放到细胞浆的细胞色素 C在 dATP存在的条件下能与凋亡相关因子 1(Apaf-1)结合，使其形成多聚体，而后通过 Apaf-1 氨基端的 Caspase 募集结构域(caspase recruitment domain , CARD)募集胞质中的Caspase-9 前体，并促使 caspase-9 与其结合形成凋亡小体，被激活的 caspase-9能激活其它的 caspase 如 caspase-3 和 caspase-7 等，从而诱导细胞凋亡。此外，线粒体还释放凋亡诱导因子，如 AIF，参与激活 caspase，促凋亡因子能诱导细胞色素C 释放和凋亡小体的形成。
死亡受体通路：由各种外界因素作为细胞凋亡的启动剂，然后通过不同的信号传递系统传递凋亡信号，引起细胞凋亡。死亡受体为一类跨膜蛋白，属肿瘤坏死因子受(TNFR)基因超家族。 其胞外部分都含有一富含半胱氨酸的区域 ,胞质区有一由同源氨基酸残基构成的结构，有蛋白水解功能，称“死亡区域”(death domain)。已知的死亡受体有五种，TFR-1 (又称 CD120a 或 p55)，Fas(CD95 或Apo1)，DR3(死亡受体 3，又称 Apo3，WSL-1，TRAMP，LARD)，DR4 和DR5(Apo2， TRAIL-R2， TRICK2，KILLER)。 前三种受体相应的配体分别为 TNF，FasL (CD95L)，Apo-3L (DR3L)，后两种均为 Apo-2L (TRAIL)。例如配体 FasL可首先诱导 Fas 三聚体化，三聚化的 Fas 和 FasL 结合后，使三个 Fas 分子的死亡结构域相聚成簇，吸引了胞浆中另一种带有相同死亡结构域的蛋白FADD，在细胞膜上形成凋亡诱导复合物，从而激活caspase8，进而引起随后的级联反应，细胞发生凋亡。
内质网通路：由内质网失常引起，而非以细胞膜或线粒体为靶点的凋亡信号触发。内质网是细胞内蛋白质合成的主要场所，同时也是Ca2+的主要储存库。内质网Ca2+平衡的破坏或者内质网蛋白的过量积累是关键步骤， 它们会诱导位于内质网膜的Caspase-12 的表达，同时诱导胞质的 Caspase-7 转移到内质网表面。Caspase-7 可激活Caspase-12， 而激活的 Caspase-12 可进一步剪Caspase-3 从而引发细胞凋亡。
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